Μετά την ΑΕΛ, και ο Απόλλων Καλαμαριάς προχώρησε στη λύση της συνεργασίας του με τον προπονητή του. Η διοίκηση των ''Ποντίων'' συναντήθηκε με τον Θωμά Γράφα και από κοινού πάρθηκε η απόφαση να χωρίσουν οι δρόμοι τους.

Ο Γράφας δήλωσε μετά την αποχώρησή του: ''Είναι μια απόφαση που λήφθηκε από κοινού, έχοντας ως αποκλειστικό γνώμονα το καλό της ομάδας. Ευχαριστώ πολύ τον κ. Ανατολίτη για την συνεργασία μας, που ήταν άψογη. Όσο συνεργάστηκα με τον Απόλλωνα, δεν μου έλειψε το παραμικρό. Παράγοντες σαν τον κ. Ανατολίτη κοσμούν το ελληνικό ποδόσφαιρο. Εύχομαι στον Απόλλωνα να βρει τον δρόμο του και να πετύχει το καλύτερο δυνατό.

Ευχαριστώ τους συνεργάτες μου και όσους συνέβαλαν στο έργο μου. Φεύγω σαν φίλος από μια μεγάλη και ιστορική ομάδα. Ήταν τιμή για μένα, που κάθισα στον πάγκο του Απόλλωνα''.

Ο 44χρονος προπονητής καθοδήγησε σε 4 ματς τους Θεσσαλονικείς, μετρώντας 1 ισοπαλία και 3 ήττες.