Το 2009 αγωνίστηκε στην "εργοστασιακή" ομάδα της Honda, πήρε τη νίκη στο Ντόνινγκτον Παρκ, όμως απογοήτευσε με την έκτη θέση στη βαθμολογία πίσω μάλιστα από τον "δορυφορικό" αναβάτη της Yamaha, Κόλιν Έντουαρντς.
"Το 2009 ένιωθα σαν να μου έκλεινε κάποιος την πόρτα κατάμουτρα. Εξασφάλισα μία θέση σε μία ομάδα που ονειρεύονται πολλοί, αλλά τα αποτελέσματα δεν ήταν αυτά που ήθελα", υποστήριξε ο αναβάτης από το Φορλί που το χειμώνα έγινε για πρώτη φορά πατέρας.

Την εξέλιξη της Honda έχει αναλάβει τα τελευταία χρόνια ο Πεδρόσα. Μετά τον προκάτοχο του, Νίκι Χέιντεν ήρθε και η ώρα του "Ντόβι" να ζητήσει να αναλάβει ευθύνες.

" Δεν είμαι ο Βαλεντίνο (Ρόσι) που τον φώναξε η Yamaha να εξελίξει μία μοτοσικλέτα και όλοι ακολουθούν τις υποδείξεις του. Η Honda δεν μου έδωσε τη δυνατότητα να αλλάξω αυτά που ήθελα. Ίσως βέβαια γιατί οι αλλαγές που ήθελα να κάνω ήταν μεγάλες. Από τη Ηonda μου είπαν ότι δεν μπορούσαν να γίνουν όλα τώρα και θα ήταν καλύτερα να περιμένω το 2010. Τώρα τις ζητώ", τόνισε χαρακτηριστικά.

Κατέληξε λέγοντας ότι και ο Πεδρόσα μπορεί να χρησιμοποιήσει αυτά που θα ζητήσω. " Έτσι θα μπορέσει να διεκδικήσει τον τίτλο, δεν έχω καμία αμφιβολία για αυτό".

Οι Ιάπωνες της Honda έκαναν μεν τα πάντα για να κρατήσουν τον Πεδρόσα, αλλά προσπάθησαν να διευκολύνουν και το Ντοβιτσιόζο, κάνοντας δεκτό το αίτημα του να συνεργαστεί με νέο αρχιμηχανικό. Τα τελευταία χρόνια το κλίμα στη Repsol Honda είναι... εύφλεκτο, καθώς λέγεται ότι η επιρροή του μάνατζερ του Ντάνι Πεδρόσα και νυν τιμ μάνατζερ στο γκαράζ του Ισπανού, είναι μεγάλη.