Ο τέσσερις φορές παγκόσμιος πρωταθλητής έχει πρωταγωνιστήσει στη μεγαλύτερη κόντρα μεταξύ τιμέιτς στην ιστορία του σπορ, όταν συνηπήρξε με τον Άιρτον Σένα στη McLaren Honda.
Οι δυό τους είχαν βγάλει ο ένας τον άλλον εκτός πίστας δύο φορές (1988, 1989) και μοιράστηκαν το πρωτάθλημα εκείνες τις χρονιές.

Ο Προστ αναγκάστηκε να αποχωρήσει από τη βρετανική ομάδα με προορισμό τη Ferrari, κατηγορώντας μάλιστα τον Ρον Ντένις, ότι προτιμούσε τον Σένα, καταστρέφοντας μία φιλία ετών.

" Νομίζω ότι το να υπάρχουν δύο ισάξια μονοθέσια στην ίδια ομάδα είναι λάθος. Στο τέλος θα τους (σ.σ. στη McLaren) κοστίσει πολύ, γιατί αυτή η κατάσταση γεννάει ένταση", ανέφερε ο μικρόσωμος Γάλλος σε συνέντευξη του στην εφημερίδα "El Pais".

Μάλιστα, πρόσθεσε ότι ο περισσότερος χρόνος που περνάει ο Χάμιλτον στον εξομοιωτή του δίνει αβαντάζ έναντι του Αλόνσο με τον 55χρονο να καταλήγει λέγοντας ότι " τo set up της McLaren ταιριάζει περισσότερο στον Χάμιλτον, παρά στον Ισπανό που οδηγεί με σκληρότερο τρόπο".

Ο Προστ αποχώρησε από το σπορ το 1993 ως πρωταθλητής με τη Williams Renault, στον τελευταίο αγώνα συμφιλιώθηκε μάλιστα με τον Σένα, που ετοιμαζόταν να τον διαδεχθεί στην κορυφαία (τότε) ομάδα της F1. Πούλησε την Prost F1 πριν από λίγα χρόνια και παρακολουθεί ως θεατής το σπορ που τον ανέδειξε.

Δεν του αρέσει όμως αυτό που βλέπει γιατί "τίποτα δεν είναι το ίδιο. Στην εποχή μου, ο οδηγός ήταν σημαντικότερος του μονοθεσίου, τώρα έρχεται πρώτη η τεχνολογία και μετά τα χέρια του οδηγού. Οι νίκες κρίνονται στα πιτ, η στρατηγική παίζει τον πρώτο ρόλο και το μοναδικό που μπορεί να δώσει ενδιαφέρον σε έναν αγώνα είναι τα λάθη των οδηγών".