Στις τάξεις της εταιρίας επήλθαν συγκρούσεις που ξεκίνησαν το 2005 στην περίπτωση της αποχώρησης του Ηλία Ζούρου. Οι αντίθετοι προς αυτή την απόφαση Αντωνιάδης και Πόππης θέλησαν να αποχωρήσουν, αν και τήρησαν τις υποχρεώσεις τους όλη τη χρονιά.
Η δεύτερη ρήξη ήρθε μετά την απόφαση του βασικού χρηματοδότη, κ. Παπαϊωάννου να αποχωρήσει. Ακολούθησαν άλλη μια κόντρα τον περασμένο Μάρτιο, όταν ο Παπαιωάννου είχε φραστικό επεισόδιο με τον Δαμιανίδη για το θέμα των Φλέτσερ-Σεραπίνας.

Η οριστική σύγκρουση ήρθε την περασμένη βδομάδα όταν ο Παπαϊωάννου είπε "φεύγω" για να τον ακολουθήσουν κι οι υπόλοιποι.

Αναλυτικά στο επίσημο site της ΚΑΕ αναφερεται το εξής:

"Χθες, Τρίτη 26 Ιουνίου 2007 πραγματοποιήθηκε η Γενική Συνέλευση Μετόχων της "ΓΕΝΕΣΙΣ Αθλητική ΑΕ", η οποία άρχισε στις 21:00 και ολοκληρώθηκε αργά μετά τα μεσάνυχτα.

Λόγω του προχωρημένου της ώρας δεν κατέστη εφικτή η επικοινωνία των Μετόχων με τον Πρόεδρο της "ΑΡΗΣ Κ.Α.Ε. 2003", κ. Αθανάσιο Τζεβελέκη, προκειμένου να ενημερωθεί σχετικά με τις αποφάσεις της Γενικής Συνέλευσης.

Σήμερα το πρωί κατόπιν τηλεφωνικής επικοινωνίας των Μετόχων της «ΓΕΝΕΣΙΣ Αθλητική ΑΕ» με τον Πρόεδρο της "ΑΡΗΣ Κ.Α.Ε. 2003", εξεδόθηκε από την μεγαλομέτοχο εταιρεία η ακόλουθη ανακοίνωση:

"Η "ΓΕΝΕΣΙΣ Αθλητική Α.Ε." και οι μέτοχοί της, θεωρώντας ότι έχουν εκπληρώσει στο ακέραιο το χρέος τους απέναντι στην ομάδα μας, αποφάσισαν να συμβάλλουν στην άντληση νέων κεφαλαίων για την περαιτέρω ενίσχυση της "ΑΡΗΣ Κ.Α.Ε. – 2003", με τη διάθεση μετοχών στους λοιπούς υφιστάμενους ήδη, ή σε νέους μετόχους από την οικογένεια του ΑΡΗ"