Ο Γιάνκοβιτς συνέδεσε ολόκληρη τη ζωή του με τον Πανιώνιο, στον οποίο και έφτασε τη σεζόν 1992-93, έχοντας συμπαίκτες μεταξύ άλλων τους Φάνη Χριστοδούλου, Κρις Χουγκάζ και προπονητή τον Βλάντο Τζούροβιτς.

Όμως, στις 28 Απριλίου του 1993 η μοίρα του φύλαγε άσχημο παιχνίδι... Ο Γιάνκοβιτς σε ένα παιχνίδι με τον Παναθηναϊκό στο κλειστό γυμναστήριο της Νέας Σμύρνης, χρεώθηκε με πέμπτο φάουλ και αντέδρασε υπερβολικά.

Χτύπησε το κεφάλι του στην μπασκέτα και έπεσε στο πάτωμα μη μπορώντας να κουνηθεί. Εκείνη θα ήταν και η τελευταία φορά που ο Μπόμπαν Γιάνκοβιτς εμφανίστηκε με σορτσάκι στο γήπεδο, καθώς έμεινε καθηλωμένος σε αναπηρικό καροτσάκι, λόγω παράλυσης από τη μέση και κάτω.

Ο Γιάνκοβιτς ζούσε για το μπάσκετ μέχρι τη μέρα που έφυγε από τη ζωή τον Ιούνιο του 2006...