Ως παίκτης ξεκίνησε την καριέρα του στον Ιωνικό Νικαίας, πριν ακολουθήσει τη λαμπρά πορεία με τη φανέλα του Άρη. Έπαιξε για ένα χρόνο στον Πανιώνιο, πριν κλείσει την καριέρα του στον Παναθηναϊκό. Με το "τριφύλλι" το 1996 -ως αρχηγός- σήκωσε στο Παρίσι το πρώτο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα ελληνικής ομάδας.

Από πολύ μικρή ηλικία αγωνίστηκε στην Εθνική Ελλάδος συμμετέχοντας σε όλες τις μεγάλες διοργανώσεις. Μέχρι τώρα έχει το ρεκόρ αγώνων (μεταξύ των Ευρωπαίων παικτών) με αντιπροσωπευτικό συγκρότημα. Ολοκλήρωσε την καριέρα του το 1996 μετά το τέλος των Ολυμπιακών Αγώνων.

Η πρώτη του προπονητική δουλειά δεν ήταν άλλη από την αγαπημένη του Εθνική, την οποία οδήγησε στην 4η θέση του Παγκόσμιου Πρωταθλήματος του 1998.

Σε σύλλογο εργάστηκε για πρώτη φορά το 2001 όταν αποδέχτηκε την πρόταση του Πανιωνίου. Ακολούθησε μια επιτυχημένη τριετία (και μισή σεζόν) από το 2003 ως το 2006 στο Μαρούσι, πριν πει "ναι" στον Ολυμπιακό στα μέσα της περασμένη σεζόν, αντικαθιστώντας τον Πίνι Γκέρσον.

Μετά την αποχώρηση του το 1999 ο Παναγιώτης Γιαννάκης επέστρεψε στον πάγκο της Εθνικής το 2004, οδηγώντας ξανά την ομάδα σε μεγάλες επιτυχίες όπως η 4η θέση στους Ολυμπιακούς της Αθήνας, το χρυσό μετάλλιο του Ευρωμπάσκετ του 2005, το αργυρό μετάλλιο του Μουντομπάσκετ του 2006, την 4η θέση του Ευρωμπάσκετ του 2007 και την 5η θέση σους Ολυμπιακούς του Πεκίνο.