Ο Ιωάννης Καραθανάσης ξεκίνησε την καριέρα του στην ΑΚ Αστέρια και συμμετείχε με επιτυχία στις σχολικές ομάδες των Εκπαιδευτηρίων Μαντουλίδη.
Πέρυσι το καλοκαίρι μετεγγράφηκε στον Ολυμπιακό και από φέτος είναι παίκτης του Μαντουλίδη. Ήταν μέλος της Εθνικής ομάδας εφήβων που κατέκτησε την πρώτη θέση στο Πανευρωπαϊκό του Πύργου το 2008 και την δεύτερη θέση το καλοκαίρι του 2009 στο Παγκόσμιο της Νέας Ζηλανδίας.