Στις 25 Σεπτεμβρίου του 2012 ο Γιάννης Αναφούζος ανέλαβε την προεδρία του Παναθηναϊκού με σκοπό να κρατήσει όρθια την ΠΑΕ που πνιγόταν στα χρέη.

Έναν χρόνο αργότερα ο ισχυρός άνδρας των πράσινων μετρά πολλές "νίκες" αλλά και "ήττες", όμως δηλώνει "παρών" στη νέα εποχή του τριφυλλιού.

Με δήλωση του στα Prasinanea.gr έκανε έναν μίνι απολογισμό της σεζόν και αποκάλυψε τα σχέδια που έχει έτσι ώστε να επιστρέφει ο Παναθηναϊκός στην κορυφή.

"Είναι μία ξεχωριστή τιμή για μένα να ηγούμαι της μεγαλύτερης ελληνικής ομάδας. Διότι η προεδρία του Παναθηναϊκού αποτελεί ένα ξεχωριστό προνόμιο, είναι μία πάρα πολύ σημαντική θέση στην ελληνική κοινωνία. Ο Παναθηναϊκός πρεσβεύει συγκεκριμένες αρχές, αξίες και ιδανικά, είναι ο σύλλογος ο οποίος έχει καλλιεργήσει και καθιερώσει τα περισσότερα αθλήματα στη χώρα, έχει παράξει σπουδαίους αθλητές και σε αυτό το δρόμο θα συνεχίσει.

Στη δυσμενή οικονομική συγκυρία που επικρατεί στην Ελλάδα, προσπαθούμε να εξυγιάνουμε τον Παναθηναϊκό και να τον επαναφέρουμε στην κορυφή. Έχουμε πραγματοποιήσει μία στροφή στο δικό μας αίμα, την ακαδημία μας και φιλοδοξούμε να πετύχουμε εμπιστευόμενοι τα νέα παιδιά μας.

Κατανοώ ότι ο κόσμος του Παναθηναϊκού έχει συνηθίσει στις επιτυχίες και στις διακρίσεις, αλλά αυτή την περίοδο χρειάζεται να έχει υπομονή. Θέλουμε όλους τους φιλάθλους δίπλα μας, να μας στηρίξουν και να μας βοηθήσουν. Κανένας δεν πρέπει να ξεχνάει ότι όλοι μας είμαστε εθελοντές με χρέος στην ιστορία του Παναθηναϊκού και είμαστε υποχρεωμένοι μόνο να δίνουμε. Με ανιδιοτέλεια και αγάπη, θα κάνουμε τον Παναθηναϊκό πάλι πρωτοπόρο".