Το μοναδικό τέρμα της αναμέτρησης πέτυχε στο 89' ο Ιβάνοφ, αλλά και χωρίς αυτό θα έπαιρναν την πρόκριση οι Εσθονοί, καθώς είχαν πάρει ισοπαλία με 1-1 στη Πολωνία.
Στην επόμενη φάση η Λεβάντια θα αντιμετωπίσει την Ντέμπρετσεν, η οποία έχασε με 1-3 από την Κάλμαρ στην Σουηδία, αλλά προκρίθηκε με τον κανονισμό των εκτός έδρας γκολ, αφού είχε κερδίσει με 2-0 στην Ουγγαρία.

Πρόκριση-θρίλερ πήρε η Σάλτσμπουργκ, καθώς κέρδισε την Μποέμιανς στην Ιρλανδία με 1-0 χάρη σε τέρμα του Γέζεκ στο 86', ενώ με 0-0 θα έμενε εκτός συνέχειας, καθώς είχε ολοκληρωθεί ισόπαλο με 1-1 το πρώτο ματς στην Αυστρία.

Μετά το πρώτο ματς στην Δανία η Κοπεγχάγη έβαλε άλλα έξι γκολ στην Μόγκρεν και στο Μαυροβούνιο (0-6), με τον Νταμέν Ν'Ντόι να πετυχαίνει τα δύο, όπως και μία εβδομάδα πριν.

Αναλυτικά τα αποτελέσματα των επαναληπτικών του 2ου προκριματικού γύρου:

Τρίτη (21/07)
Μπάκου (Αζερμπαϊτζάν) - Εκράνας (Λιθουανία) 4-2 (59' και 77' Φελίπε Αλμέιδα, 65' Μουζίρι, 91' Σόχιτς / 81' Μάτοβιτς, 92' Γκλεβέκας) [2-2]
ΜΠΑΤΕ Μπορίσοφ (Λευκορωσία) - Μακεντονίγια (Σκόπια) 2-0 (83' Σοσνόφσκι, 93' Ροντιόνοφ) [2-0]
Σάντα Τζούλια (Ανδόρα) - Λέφσκι Σόφιας (Βουλγαρία) 0-5 (23' και 40' Ογκνιάνοφ, 34' Γιόβοφ, 83' Τσάτσεφ, 87' Κίροφ) [0-4]
ΑΠΟΕΛ (Κύπρος) - Στρέιμουρ (Νήσια Φαρόε) 3-0 (42' Μ. Ζεβλάκοφ, 63' Αλεξάνδρου, 75' Μιροσάβλιεβιτς) [2-0]
Σερίφ Τίρασπολ (Μολδαβία) - Ιντερ Τούρκου (Φινλανδία) 1-0 (69' πέν. Σουβόροφ) [1-0]
Σλόβαν Μπρατισλάβα (Σλοβακία) - Ζρίνισκι Μόσταρ (Βοσνία/Ερζεγοβίνη) 4-0 (13' και 60' Χαλενάρ, 19' Γκαούτσο, 92' Σιλβέστρ) [0-1]
Ντιναμο Ζάγκρεμπ (Κροατία) - Πιουνίκ Ερεβάν (Αρμενία) 3-0 (30' Ματζούκιτς, 60' Μπαντέλι, 66' Λόβρεν) [0-0]
Στάμπαεκ (Νορβηγία) - KF Τίρανα (Αλβανία) 4-0 (15' και 17' Σεγκέστρεμ, 44' Μπέργκλουντ, 55' Φάρνερουντ) [1-1]
Παρτιζάν (Σερβία) - Ριλ (Ουαλία) 8-0 (4' Ντιαρά, 17', 51' και 72' πέν. Κλέβερσον, 20' Νέναντ Τζόρτζεβιτς, 38' και 63' Ίλιτς, 66' Πέτροβιτς) [4-0]

Τετάρτη (22/07)
Μάριμπορ (Σλοβενία) - WIT Τιφλίδα (Γεωργία) 3-1 (9' Μπουντέρλα, 19' Μάρκος, 86' Μίχελιτς / 45' Κβαρατσκέλια) [0-0]
Μόγκρεν (Μαυροβούνιο) - Κοπεγχάγη (Δανία) 0-6 (10' και 40' Ν'Ντόι, 16' Νόρντσταντ, Βίνγκααρντ, 47' Ντελανέι, 87' Αλμέιδα) [0-6]
Κάλμαρ (Σουηδία) - Ντέμπρετσεν (Ουγγαρία) 3-1 (19' και 71' πέν. Ελμ, 32' Μέντες / 13' Βάργκα) [0-2]
Ντούντελανζ (Λουξεμβούργο) - Βέντσπιλς (Λετονία) 1-3 (15' Ντάνιελ Ντα Μότα / 27' Αστάφιεφς, 57' Μπούτρικς, 67' Μίχαντιουκς) [0-3]
Μποέμιανς (Ιρλανδία) - Σάλτσμπουργκ (Αυστρία) 0-1 (86' Γέζεκ) [1-1]
Λεβάντια Ταλίν (Εσθονία) - Βίσλα Κρακοβίας (Πολωνία) 1-0 (89' Ιβάνοφ) [1-1]
Γκλεντόραν (Β. Ιρλανδία) - Μακάμπι Χάιφα (Ισραήλ) 4-0 (9' και 53' Μπέλο, 62' Μασιλέλα, 92' Άρμπεϊτμαν) [0-6]
Ακτόμπε (Καζακστάν) - Χαφναρφιόρντουρ (Ισλανδία) 2-0 (20' Σμάκοφ, 67' Τλέσεφ) [4-0]

*Σε αγκίλη το σκορ του πρώτου αγώνα

Τα ζευγάρια του 3ου προκριματικού γύρου

Ζευγάρια πρωταθλητών
1. Σάλτζμπουργκ (Αυστρία) - Ντιναμό Ζάγκρεμπ (Κροατία)
2. Σλόβαν Μπρατισλάβα (Σλοβακία) - Ολυμπιακός
3. Ζυρίχη (Ελβετία) - Μάριμπορ (Σλοβενία)
4. ΑΠΟΕΛ (Κύπρος) - Παρτιζάν Βελιγραδίου (Σερβία)
5. Σερίφ Τίρασπολ (Μολδαβία) - Σλάβια Πράγας (Τσεχία)
6. Ακτόμπε (Καζακστάν) - Μακάμπι Χάιφα (Ισραήλ)
7. Μπάκου (Αζερμπαϊτζάν) - Λέφσκι Σόφιας (Βουλγαρία)
8. Βέντσπιλς (Λετονία) - ΜΠΑΤΕ Μπορίσοφ (Λευκορωσία)
9. Λεβάντια Ταλίν (Εσθονία) - Ντέμπρετσεν (Ουγγαρία)
10. Κοπεγχάγη (Δανία) - Στάμπαεκ (Νορβηγία)

Ζευγάρια μη πρωταθλητών
1. Σπάρτα Πράγας (Τσεχία) - Παναθηναϊκός
2. Σαχτάρ Ντόνετσκ (Ουκρανία) - Τιμοσοάρα (Ρουμανία)
3. Σπόρτινγκ (Πορτογαλία) - Τβέντε (Ολλανδία)
4. Σέλτικ (Σκωτία) - Ντιναμό Μόσχας (Ρωσία)
5. Άντερλεχτ (Βέλγιο) - Σίβασπορ (Τουρκία)