Ο Φερνάντο Σάντος ανέλαβε την εθνική Πορτογαλίας τον Σεπτέμβριο του 2014, όταν έφυγε από τον πάγκο της Ελλάδας. Κατέκτησε το Euro το 2016 και το Nations League το 2019. Ο επιτυχημένος προπονητής ανανέωσε το συμβόλαιό του με την ομοσπονδία της χώρας του μέχρι το 2024.

Αν εξαντλήσει το νέο συμβόλαιο, θα έχει συμπληρώσει δηλαδή δεκαετία στην τεχνική ηγεσία του αντιπροσωπευτικού του συγκροτήματος. Η συνεργασία του με την Πορτογαλία έληγε τον Ιούλιο του 2020 και μετά τις σπουδαίες επιτυχίες που έχει σημειώσει, επιβραβεύτηκε για τη δουλειά του.

Από το 2014 έως σήμερα έχει καθοδηγήσει τους συμπατριώτες του σε 71 παιχνίδια, με απολογισμό 45 νίκες, 14 ισοπαλίες και 12 ήττες. Με την Εθνική Ελλάδας μέτρησε 26 νίκες, 16 ισοπαλίες και επτά ήττες από το 2010 μέχρι τον Ιούνιο του 2014.

Στο παρελθόν έχει δουλέψει ακόμα σε ΠΑΟΚ, Μπενφίκα, ΑΕΚ, Σπόρτινγκ, Παναθηναϊκό, Πόρτο, Εστρέλα και Εστορίλ.