Τα οικονομικά προβλήματα του Πανιωνίου είναι γνωστά και τον τελευταίο καιρό μία από τις υποθέσεις που απασχολούν τέτοιας φύσης είναι και του Χρυσόστομου Μιχαηλίδη.

Ο παλαίμαχος τερματοφύλακας αγωνίστηκε με την "κυανέρυθρη" φανέλα στο δεύτερο μισό της σεζόν 2011/12 και έχει αποστείλει εξώδικο με το οποίο ζητά τα δεδουλευμένα του, καθώς φέρεται να έχει εισπράξει μόλις δύο δόσεις από τις 48 που προβλέπει ο διακανονισμός που είχε κάνει. Επ' αυτού ο ίδιος ξεκαθάρισε με επιστολή του προς τα ΜΜΕ:

"Βλέποντας τις δύο τελευταίες ημέρες να γράφονται σχόλια του τύπου "ο Μιχαηλίδης ρίχνει τον Πανιώνιο στην Β΄ Εθνική", ή κάποιες άλλες αναφορές που εμπλέκουν την ΑΕΚ ή τον ΑΕΚτζή Μιχαηλίδη σε μια δικαστική διαμάχη που έχω προσωπικά με την ΠΑΕ Νέος Πανιώνιος, θέλω να ξεκαθαρίσω τα εξής: Το διαιτητικό δικαστήριο της ΕΠΟ με την απόφαση 94/2014 ανακοίνωσε πως η ΠΑΕ Νέος Πανιώνιος καλείται να μου καταβάλει τα δεδουλευμένα χρήματα που μου οφείλει εδώ και δύο έτη. Για να μην αποπροσανατολίζεται ο κόσμος και δημιουργούνται λανθασμένες εντυπώσεις, πρόθεση μου είναι απλά να λάβω τα δεδουλευμένα χρήματα που μου οφείλονται. Εάν θα υπάρξει ζήτημα υποβιβασμού του Πανιωνίου στην Β' Εθνική, υπεύθυνος δεν θα είμαι εγώ, αλλά οι εκπρόσωποι του που δεν τηρούν ως οφείλουν τους νόμους.

Με εκτίμηση, Χρυσόστομος Μιχαηλίδης".