Η κόκκινη κάρτα που έδειξε στον Νάνι ο Τούρκος διαιτητής Τσακίρ, στον αγώνα της Ρεάλ ενάντια στην Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ, εξόργισε τον Σερ Άλεξ Φέργκιουσον. Έχει συμβεί ουκ ολίγες φορές στο παρελθόν, προπονητές να γίνονται έξαλλοι με σφυρίγματα διαιτητών, σε αγώνες ενάντια σε ομάδες του Ζοσέ Μουρίνιο.

Τη σεζόν που η Ίντερ κατέκτησε την κούπα του Champions League, ο Μουρίνιο ευνοήθηκε αρκετά από τη διαιτησία στους αγώνες του. Για τη φάση των "16", κόντρα στην Τσέλσι, η Ίντερ κέρδισε με 2-1, αλλά ο διαιτητής Μεχούτο Γκονζάλες, δεν καταλόγισε δύο πέναλντι υπέρ των Άγγλων. Ειδικά το πεντακάθαρο που κάνει ο Σάμουελ πάνω στον Καλού.

Ο τότε προπονητής της Τσέλσι, Κάρλο Αντσελότι σε δηλώσεις του μετά το ματς είπε: "Είναι κρίμα που ενώ παίξαμε καλά δεν καταφέραμε κάτι περισσότερο. Είναι κρίμα και για το πέναλτι, αφού είχαμε προβλήματα με τον Μεχούτο Γκονθάλεθ στην Κωνσταντινούπολη, ωστόσο τον θεωρώ έναν εξαιρετικό διαιτητή"

Στα προημιτελικά ενάντια στην Τσεσεκά Μόσχας στη Ρωσία, η ομάδα του Μουρίνιο έπαιζε με παίκτη παραπάνω για ολόκληρο το δεύτερο ημίχρονο. Ο Γάλλος διαιτητής Στεφάν Λανουά, απέβαλε τον Odiah με δεύτερη κίτρινη κάρτα, την ώρα που η ρωσική ομάδα πίεζε αρκετά την Ίντερ, διευκολύνοντας το έργο της ιταλικής ομάδας.

Στα ημιτελικά ενάντια στη Μπαρτσελόνα στο Μιλάνο, ορίζεται διαιτητής, ο στενός φίλος του Μουρίνιο Ολεγκάριο Μπεκερένσα, ο οποίος ήταν κάτι παραπάνω από γενναιόδωρος με το συμπατριώτη του. Υπήρχαν αρκετά διαιτητικά λάθη, με αποκορύφωμα το γκολ του Μιλίτο, που έγραψε το 3-1, από προφανή θέση οφ σάιτ. Στο τέλος μάλιστα "κατάπιε" και δύο πέναλντι, του Σνάιντερ πάνω στον Άλβες και του Σάμουελ στον Πικέ. Στο πρώτο μάλιστα, έδειξε και κίτρινη κάρτα στον παίκτη των μπλαουγκράνα. Στο τέλος του αγώνα υπήρξαν έντονες διαμαρτυρίες από τους Καταλανούς.

Ο καυστικός Μουρίνιο σε δηλώσεις του είπε τα εξής: "Μετά το τέλος του παιχνιδιού είδα κάποια πράγματα που θα πρέπει να μας... πουν κάτι εν όψει της ρεβάνς. Παρατήρησα ότι οι παίκτες της Μπαρτσελόνα είχαν πέσει πάνω στον διαιτητή και προσπαθούσαν να τους ασκήσουν πίεση. Ξεχνούν, όμως, γρήγορα, αφού και οι παίκτες με τους οποίους έχω δουλέψει στην Τσέλσι, πέρυσι είχαν μείνει παραπονούμενοι στα ημιτελικά κόντρα στην Μπαρτσελόνα. Έτσι φέρονται οι πρωταθλητές όταν έχουν παίξει κόντρα σε μία ανώτερη ομάδα;"

Με την Πόρτο έπαιζε με 11 εναντίον ...10 στα ημιτελικά

Τη χρονιά που η Πόρτο στέφθηκε πρωταθλήτρια Ευρώπης, στα ημιτελικά αντιμετώπισε την Ντεπορτίβο λα Κορούνια. Και στα δύο αυτά ματς, οι Ισπανοί ολοκλήρωσαν τον αγώνα με 10 παίκτες.

Στην Πορτογαλία ο Μάρκους Μερκ απέβαλλε με απ' ευθείας κόκκινη κάρτα τον Αντράντε, απόφαση η οποία κρίνεται αρκετά αυστηρή, με τον προπονητή και τους παίκτες της Ντεπορτίβο να εκφράζουν έντονα παράπονα για τον Γερμανό.

Λίγες μέρες μετά. τον επαναληπτικό του "Ριαθόρ", ο Ιταλός Πιερλουίτζι Κολίνα, απέβαλλε τον Ναϊμπέτ. Η συνέχεια γνωστή. Η Πόρτο κατάφερε να παίξει στον τελικό και να στεφθεί πρωταθλήτρια Ευρώπης. Ο Ο τεχνικός της ισπανικής ομάδας, Χαβιέ Ιρουρέτα δήλωσε μετά το ματς: "Το πέναλτι άλλαξε τα δεδομένα και πάγωσε τους φιλάθλους μας. Λίγο αργότερα ήρθε και η αποβολή του Ναϊμπέτ, η οποία λύγισε και τους πιο αφοσιωμένους οπαδούς μας".

Ωστόσο και ο Πορτογάλος τεχνικός δεν πάει πίσω στις δηλώσεις του κατά της διαιτησίες σε ορισμένα παιχνίδια.

Χαρακτηριστικό παράδειγμα ο αγώνας Ρεάλ-Μπαρτσελόνα για τα ημιτελικά του Champions League το 2011. O Μουρίνιο αναρωτιόταν τότε, "Γιατί;". Η ομάδα του έχασε εντός έδρας με 0-2 και ο Πορτογάλος τεχνικός έκανε λόγο τότε για μια συνωμοτική διαιτησία ενάντια στη Ρεάλ.

Σε δηλώσεις του μάλιστα ο Μουρίνιο είχε δηλώσει: "Είναι αδύνατο να παίζεις με 10 παίχτες. Θα πάμε στο Κάμπ Νόου, θα παλέψουμε, αλλά δεν μας βλέπω νικητές, και η Μπαρτσελόνα θα περάσει στον τελικό. Δεν καταλαβαίνω για ποιο λόγο αποβλήθηκε ο Πέπε και γιατί δέχθηκε κίτρινη ο Ράμος. Συγχαρητήρια σε μια εξαιρετική ποδοσφαιρική ομάδα. Αλλά, η Μπαρτσελόνα κέρδισε δίκαια; Η Μπαρτσελόνα έχει εξωαγωνιστική δύναμη. Δεν ξέρω αν βοήθησε η UNICEF ή η ΟΥΕΦΑ".

Γνωστός για τις εκκεντρικές του δηλώσεις ο Πορτογάλος πρόσθεσε: " Έχω κερδίσει δύο Champions League με ομάδες που δεν ήταν σαν την Μπαρτσελόνα. Με την Πόρτο που δεν είναι ομάδα που πρωταγωνιστεί στην Ευρώπη και την Ίντερ που δεν το είχε κατακτήσει εδώ και 50 χρόνια. Τα κέρδισα με προσπάθεια και ιδρώτα, σε αντίθεση με τον Γκουαρντιόλα".