Το 2011 ο Αντώνης Μανίκας προσλήφθηκε στον Πανιώνιο, στον οποίο έμελλε να παραμείνει για οκτώ χρόνια, έχοντας μεταξύ άλλων το πόστο του τεχνικού διευθυντή και αυτό του γενικού αρχηγού. Αρκετές από τις εισηγήσεις του στην ομάδα της Νέας Σμύρνης αποδείχθηκαν απόλυτα επιτυχημένες, με παίκτες που αργότερα πουλήθηκαν από τους "κυανέρυθρους".

Την Πέμπτη (16/5) η ΠΑΕ Απόλλων Σμύρνης, που τη νέα σεζόν θα αγωνιστεί στη Super League 2, ανακοίνωσε ότι ο Μανίκας ανέλαβε τεχνικός διευθυντής. Η "Ελαφρά Ταξιαρχία" θα επιδιώξει την άμεση επάνοδο στη μεγάλη κατηγορία και την επόμενη εβδομάδα είναι πιθανό να έχει κλείσει και ο νέος προπονητής.

Η ανακοίνωση του Απόλλωνα: "Η ΠΑΕ Απόλλων Σμύρνης καλωσορίζει στην οικογένειά της τον Αντώνη Μανίκα, ο οποίος από σήμερα είναι ο τεχνικός διευθυντής της ομάδας. Γεννημένος στις 9 Φεβρουαρίου 1959, έλκει την καταγωγή του από τη Σμύρνη, ως ποδοσφαιριστής αγωνιζόταν ως τερματοφύλακας φτάνοντας έως την Εθνική ομάδα. Έχει διατελέσει προπονητής πολλών ομάδων. Τα τελευταία χρόνια, ήταν μέλος του προπονητικού τιμ του Πανιώνιου".