Ο Αραγονές έμεινε στους "ροχιμπλάνκος" για μία δεκαετία, αποκομίζοντας το προσωνύμιο "Θαπατόνες" (μεγάλα παπούτσια), λόγω της επιθετικής του δεινότητας και της ικανότητάς του στις εκτελέσεις φάουλ. Ως προπονητής ανέλαβε την αγαπημένη του Ατλέτικο, την οποία οδήγησε στην κατάκτηση του "Κόπα ντελ Ρέι" το 1992. Το απόγειο της καριέρας του ήταν όταν έφτασε με τους "ροχιμπλάνκος" στην κατάκτηση του νταμπλ στην Ισπανία τη σεζόν 1995/96.

Μετά την Ατλέτικο, βρέθηκε στον πάγκο των Μπαρτσελόνα, Σεβίλλη, Βαλένθια, Εσπανιόλ, Μπέτις, Οβιέδο και Μαγιόρκα, προτού αναλάβει τους "φούριας ρόχας" μετά τα τελικά του Euro 2004, αντικαθιστώντας τον Ινιάκι Σάεθ.

Ο Αραγονές πέτυχε την πρώτη του αποστολή, που ήταν να "στείλει" τους Ισπανούς στο Μουντιάλ του 2006. Βέβαια χρειάστηκε να αντιμετωπίσει τη Σλοβακία σε αγώνες μπαράζ, προκειμένου να ταξιδέψει στη Γερμανία.

Στο Παγκόσμιο Κύπελλο, η Ισπανία πραγματοποίησε εντυπωσιακές εμφανίσεις στην πρώτη φάση, αλλά βρήκε στο δρόμο της τη Γαλλία στη φάση των "16", από την οποία ηττήθηκε με 3-1 και αποκλείστηκε. Αυτή ήταν η πρώτη ήττα των Ισπανών μετά από 25 αγώνες αήττητοι, γεγονός που "οδήγησε" την ισπανική ομοσπονδία ποδοσφαίρου στη διετή ανανέωση του συμβολαίου του Αραγονές.