Ο Βεργώνης έγινε επαγγελματίας στα 17 του στον Απόλλωνα Καλαμαριάς στον οποίο αγωνίστηκε από το 2002 έως τα μέσα της σεζόν 2004-2005 όταν και στην συνέχεια παραχώρηθηκε δανεικός στους Λύκους(σ.σ 16 συμμετοχές-ένα γκολ).
Παράλληλα επέστρεψε στην Καλαμαριά για ένα εξάμηνο και τον Ιανουάριο του 2006 παραχωρήθηκε δανεικός στον ΑΣΚ Ολυμπιακό Βόλου. Στην ομάδα της Μαγνησίας παρέμεινε έως τον Ιούνιο του 2007 και είχε συνολικά 44 συμμετοχές και πανηγύρισε την άνοδο στην Β΄Εθνική.