Το πρόγραμμα περιλαμβάνει έξι παιχνίδια την πρώτη μέρα του Σεπτέμβρη, με τα υπόλοιπα δέκα να είναι προγραμματισμένα για την επόμενη μέρα. Και τα δεκαέξι παιχνίδια έχουν κοινή ώρα έναρξης στις 17:00.

Ημερομηνία	Γήπεδο	Ωρα	Αγώνας
01/9/2007	ΠΟ Ατσαλένιου	17:00	Ατσαλένιος-Δόξα Δράμας
01/9/2007	Δημ. Μυτιλήνης	17:00	Αιολικός-Ηλιούπολη
01/9/2007	Δημ. Γιαννιτσών	17:00	Αναγέννηση Γιαννιτσών-ΠΑΣ Πρέβεζα
01/9/2007	Δημ. Ρεθύμνου	17:00	Αστέρας Ρεθύμνου-Μεσσηνιακός
01/9/2007	Πανθεσσαλικό	17:00	Νίκη Βόλου-Αχαρναϊκός
01/9/2007	Δημ. Ρόδου «Διαγόρας»	17:00	Διαγόρας-Θύελλα Πατρών
01/9/2007	Δημ. Ταύρου «Σ. Γιαλαμπίδης»	17:00	Φωστήρας-Θήβα
02/9/2007	ΔΑΚ Λαμίας	17:00	Λαμία-ΠΑΟΝΕ
02/9/2007	Δημ. Βόλου	17:00	Εθν./Ολυμπιακός-Παναχαϊκή
02/9/2007	Δημ. Αρτας	17:00	Αναγέννηση Αρτας-Παναιγιάλειος
02/9/2007	Συνοικισμού	17:00	ΠΑΣ Κόρινθος-Κορωπί
02/9/2007	Α΄ ΔΑΚ Κατερίνης	17:00	Εθνικός Κατερίνης-Καβάλα
02/9/2007	Δημ. Προσοτσάνης	17:00	Προσοτσάνη-Θερμαϊκός
02/9/2007	«Φ. Κοσμάς»	17:00	Ενωση Θράκης-ΑΕ Γιάννενα
02/9/2007	Δημ. Πτολεμαΐδας «Α. Θεοφανίδης»	17:00	Πτολεμαΐδα-Αναγέννηση Καρδίτσας
02/9/2007	Δημ. Πολυκαστρου	17:00	Πολύκαστρο-Βύζας
02/9/2007	Δημ. Σαλαμίνας	17:00	Αίας-Ρόδος

*Ο Παναιτωλικός πέρασε στην επόμενη φάση χωρίς αγώνα

Με απόφαση της Εκτελεστικής Γραμματείας της ΕΠΟ, οι αγώνες της 2ης φάσης του Κυπέλλου Ελλάδας θα διεξαχθούν στις 8 και 9 Σεπτεμβρίου 2007 (αντί 05/9).