Υπήρξε ο πρώτος τερματοφύλακας της Εθνικής Ισραήλ από τη σύσταση του κράτους το 1948. Είχε 31 συμμετοχές με την εθνική της χώρας του μέχρι και το 1964 και αναδείχτηκε σε εθνικό ήρωα σε μια εποχή που το ποδόσφαιρο έκανε τα πρώτα του βήματα στο Ισραήλ. «Ήταν η μισή ομάδα,» δήλωσε ο συμπαίκτης του Σίγε Γκλέιζερ, και πρόσθεσε: «Έμοιαζε με έναν αδιαπέραστο τοίχο».

Ο Χοντόροβ είχε συμπεριληφθεί στην κορυφαία πεντάδα τερματοφυλάκων το 1957 μετά την εκπληκτική εμφάνισή του σε προκριματικό αγώνα απέναντι στην Ουαλία στο Κάρντιφ για το Παγκόσμιο Κύπελλο, όταν είχε προβεί σε διαδοχικές αποκρούσεις με σπασμένη μύτη από τα πρώτα λεπτά της αναμέτρησης. Το Ισραήλ είχε ηττηθεί, όμως με 2-0. Αγωνίστηκε με σπασμένο χέρι απέναντι στην ΕΣΣΔ μπροστά σε 70 χιλιάδες φιλάθλους στο Τελ Αβίβ, όταν το Ισραήλ ηττήθηκε 2-1 σε προκριματικό αγώνα για τους Ολυμπιακούς Αγώνες.

"Ο Γιακόβ Χοντόροβ ήταν ένας ήρωας για πολλούς από μας στα νεανικά μας χρόνια, ένας από τους πιο θαυμάσιους αθλητές που είχε ποτέ το Ισραήλ," δήλωσε ο πρωθυπουργός της χώρας Εχούντ Ολμερτ.

Ο Χοντόροβ αποσύρθηκε από την ενεργό δράση το 1965. Αγωνίστηκε για πολλά χρόνια στη Χαποέλ Τελ Αβίβ, με την οποία στέφθηκε πρωταθλητής Ισραήλ το 1957, ενώ με την ίδια ομάδα κατέκτησε και το Κύπελλο Ισραήλ τρία χρόνια αργότερα.