Ο πρωτοπόρος της βαθμολογίας υποδέχεται την ΑΕΚ στον πρώτο γύρο της δεύτερης φάσης, με τον νικητή της αναμέτρησης να αντιμετωπίζει αυτόν θα επικρατήσει μεταξύ του Κιλκίς-ΧΑΝΘ.
Την ευκολότερη αποστολή έχει ο Δούκας που κληρώθηκε με τον Αθηναϊκό (άρα περνάει bye στους οκτώ) και στη συνέχεια παίζει με τον νικητή της συνάντησης Ιωνικός ΝΦ-Διομήδης Άργους.

Συνοπτικά τα ζευγάρια (3-4/2/2007):

Δούκας- Αθηναϊκός
Βριλήσσια-Απόλλων Καλαμαριάς
Ιωνικός ΝΦ- Διομήδης
ΠΑΟΚ –Ηλυσσιακός
Κορωπί -ΑΟΔ Θερμαϊκού
Φίλιππος Βέροιας –ΑΕΚ, Κιλκίς- ΧΑΝΘ
Πανελλήνιος- Αερωπός Έδεσσας

Ο δεύτερος γύρος θα φιλοξενηθεί στις 14 Μαρτίου, όπου οι ομάδες "σταυρώνονται" ως εξής:
Ο νικητής του αγώνα ΠΑΟΚ –Ηλυσσιακός με το νικητή του αγώνα Κορωπί- ΑΟΔ Θερμαϊκού.Ο νικητής του αγώνα Φίλιππος Βέροιας –ΑΕΚ με το νικητή του αγώνα Κιλκίς –ΧΑΝΘ.Ο νικητής του αγώνα Πανελλήνιος -Αερωπός Έδεσσας με το νικητή του αγώνα Βριλήσσια-Απόλλων Καλαμαριάς. Ο νικητής του αγώνα Δούκας- Αθηναϊκός με το νικητή του αγώνα Ιωνικός ΝΦ- Διομήδης.

Το φάιναλ φορ θα φιλοξενηθεί το διήμερο 28-29 Απριλίου σε άγνωστη μέχρι στιγμής έδρα.